聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction，PCR）和免疫组化（Immuno Histo Chemistry，IHC）是进行生物标志物(DNA/RNA和蛋白)检测的最常用的方法。但它们都有其各自的技术局限性：

    聚合酶链式反应（PCR）用于检测DNA和RNA虽然灵敏度高，但在提取核酸的过程中，RNA部分降解、低峰度基因表达的RNA不可避免的会出现丢失，导致无法检测。而且PCR只是检测了细胞内核酸的平均水平，无法对核酸进行单细胞水平的定位检测。

    免疫组化（IHC）主要是利用抗原与抗体特异性结合原理，通过化学反应使标记抗体的显色剂（荧光素、酶、金属离子、同位素）显色来确定组织细胞内的抗原（多肽和蛋白质），并对其进行定位、定性及定量的研究。由于需要特异性抗体，因此对于一些没有特异性抗体的蛋白，采用免疫组化检测显然不可能；即使可以制备抗体，也需要花费几个月的时间来完成。对于一些低浓度表达的分泌性蛋白信号，免疫组化的敏感性也比较差。另外，对于保守性比较高的基因家族，往往由于抗体的特异性较差而无法检测出基因家族内蛋白的差异性。

    对于基因及功能的检测，一般通过检测DNA和蛋白来实现。然而，不是所有的RNA都编码蛋白，部分RNA可能只是参与了基因调控和其它广泛的细胞活动。而且RNA表达的变化可能不是源于DNA的变化，也不一定引起蛋白质水平变化（如长链非编码RNA(LncRNA)）。

    基于以上目前实验方法的局限性，检测RNA一种不可或缺的检测技术就是能进行原位检测，精确定位其在细胞和组织微环境中位置并进行定量分析。

RNA原位杂交（ISH）技术的出现解决了PCR无法对细胞或组织内靶RNA定位，免疫组化（IHC）非特异性结合和传统原位杂交中可能出现的一系列问题。

RNA-FISH和RNA-ISH原位杂交技术有如下有点：

(1)其具有高度特异性、极高的信噪比的特点；

(2)同时能够在单细胞单分子水平同时定位、定量分析多个RNA的表达；

(3)可在保持组织和细胞形态的条件下，单细胞单分子水平对细胞内RNA进行定位、定量的分析方法；

(4)该技术解决了PCR无法定位，免疫组化（IHC）非特异性结合和传统原位杂交中可能出现的一系列问题；并且可以与免疫组化（IHC）结合应用，检测RNA与蛋白的表达情况。